Úgy véli, pontosan meg kell határozni az Alkotmánybíróság jogkörét, s szakmai - nem politikai - vitákban kell arról dönteni, hogy a végleges alaptörvényben szükséges-e azt szűkíteni, ahogyan arról is, hogy korlátozzák-e azok körét, akik a testülethez fordulhatnak. Kérdésre válaszolva elmondta: nem tartja helyesnek, ha az alkotmányt konkrét alkotmánybírósági döntések nyomán módosítják.

Az új alaptörvény egyik jelentős kérdésének nevezte, hogyan biztosítható az Alkotmánybíróság számára az ellenőrzés és a felülvizsgálat lehetősége anélkül, hogy ez indokolatlanul a hatékony kormányzás rovására menne.

Az MTA elnöke szerint nem állítható párba az Alkotmánybíróság jogköre és a népszavazási kérdések köre, mert míg az előbbi jogi, tudományos érvek mentén dönt, addig a referendumokon hozott döntések a tapasztalatok szerint sokszor érzelmi alapon, politikai nézetek alapján születnek.

Maga az új alkotmány nem lehet népszavazási kérdés, annak elfogadását a hatályos jogszabályok a parlament feladatává teszik. Az új alaptörvény preambuluma Pálinkás József szerint az átlagosnál várhatóan hosszabb lesz, s abban szerepelnie kell a magyar államiságot évszázadokon át megtestesítő Szent Koronára, valamint a keresztény értékekre, műveltségre történő utalásnak is.